Выкачка сабмодулей:
git submodule update --init --recursive
https://git-scm.com/book/ru/Инструменты-Git-Подмодули

Решение проблемы с незапушены сабмодулем:

$ git submodule update fatal: reference is not a tree: 2d7cfbd09fc96c04c4c41148d44ed7778add6b43 Unable to checkout '2d7cfbd09fc96c04c4c41148d44ed7778add6b43' in submodule path 'mysubmodule'

http://stackoverflow.com/questions/2155887/git-submodule-head-reference-is-not-a-tree-error


Как сделать изменения разработчику в CSS и запушить в сабмодуле в его репозиторий?
мы в корне главного репозитория
cd sub
git checkout master # (!) вы обязаны сделать этот шаг, иначе беда номер 2
... ваши изменения ...
git add .
git commit -m "%message%"
git push origin master
cd ..
git add .
git commit -m "added changes to submodule"
git push origin master

http://goo.gl/34H0Gt